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使用超聲波DNA打斷儀可以有效提高測序文庫的構建效率

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  傳統的DNA打斷儀(即破碎儀)以接觸式打斷儀為主,在安全性、精密度、反應效率、反應邊界條件和反應均勻度方面存在一定的不足,難以滿(mǎn)足實(shí)驗種類(lèi)的多樣性、安全性、多通道、防病毒交叉感染等要求。
 
  超聲波DNA打斷儀采用非接觸式超聲波粉碎技術(shù),適用于具有特殊需要的反應體系,與傳統接觸式打斷儀相比,在安全性、精密度、反應效率、反應邊界條件和反應均勻度等方面均表現突出的優(yōu)勢,已經(jīng)成為CHIP(染色質(zhì)免疫共沉淀)研究平臺*的標準化工具。
 
  該儀器包括:在二價(jià)陽(yáng)離子、隨機DNA雙鏈結合蛋白、非離子表面活性劑和單價(jià)鹽存在下,DNA分子被打斷??梢杂行岣邷y序文庫的構建效率。
 
  DNA分子的雙螺旋結構是兩個(gè)脫氧核苷酸長(cháng)鏈通過(guò)內部氫鍵形成的堿基對穩定地平行連接,堿基對之間的縱向相互作用進(jìn)一步提高了DNA分子的穩定性,因此DNA分子的雙螺旋結構是一種相對穩定的結構。
 
  隨著(zhù)高通量測序(NGS)技術(shù)的發(fā)展和成熟,其在科研、診斷和體檢中的應用范圍不斷擴大。除了市場(chǎng)的擴大,測序技術(shù)本身的發(fā)展也有所放緩,制約技術(shù)擴展和應用的瓶頸逐漸顯現。
 
  如今,NGS樣品制備的瓶頸效應越來(lái)越明顯,新的試劑和儀器不斷涌現,以縮短時(shí)間,提高通量。同時(shí),不斷開(kāi)發(fā)新的方法來(lái)處理較少的樣品起始量等。
 
  目前常用的脫氧核糖核酸(簡(jiǎn)稱(chēng)DNA)分子片段化方法有四種,即DNA限制性酶切法、流體力學(xué)剪切法、超聲波破碎法和噴霧霧化法,各有優(yōu)缺點(diǎn)。
 
  長(cháng)鏈DNA(通常稱(chēng)為生物染色體DNA)片段化的主要原因是短的DNA片段有利于DNA分子的快速雜交和高靈敏度的靶標檢測,而片段化是NGS文庫構建過(guò)程中不可避免的過(guò)程。
 
  超聲波DNA打斷儀器是一種基于流體力學(xué)剪切法和超聲波壓裂法的破碎方法,是DNA分子破碎的推薦方法。另外,由于DNA分子本身的特異性,比如甲基化修飾的程度,會(huì )改善分子本身的特性。
 
  使用力學(xué)方法,該區域將具有不同于其他區域的斷裂比(概率),從而在一定程度上引入了力學(xué)中斷的偏好。采用低成本非限制性?xún)惹忻阜?,擺脫了中斷儀器的限制,建立了適用于一般分子生物學(xué)實(shí)驗室和高通量NGS文庫建設實(shí)驗室的DNA中斷方法。

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